28 сентября 2012 года состоялось первое в новом учебном году заседание Учёного совета, на котором был заслушан отчёт ректора КНУ, профессора Искендера Исамидинова об итогах 2011-2012 учебного года и задачах коллектива Национального университета на новый, 2012-2013 учебный год. Учёный совет утвердил отчёт ректора КНУ и принял решение одобрить деятельность ректората, структурных подразделений и общественных организаций в решении задач по осуществлению перехода на 2-х уровневую систему образования, внедрению кредитной системы обучения, разработке приоритетных направлений научно-исследовательской работы, расширению международных связей, привлечению грантов и  инвестиций, укреплению материально-технической и учебно-лабораторной базы и решении злободневных вопросов социальной сферы и молодёжной политики.

Эти задачи вытекают из Стратегии развития  системы образования КР на 2012-2020 годы, Постановлений Правительства КР № 496 от 23 августа 2011 года, №472 от 4 июля 2012 года «Об установлении двухуровневой структуры высшего профессионального образования в КР», приказа Министерства образования и науки КР № 474/1 от 10 июля 2012 года.

Учёным советом приняты также  решения по созданию новых структурных подразделений (отдела по реализации кредитной системы обучения, подготовительного отделения), а также по реорганизации Центра физического воспитания, здоровья и спорта.